Sant’Ambrogio e il culto dei Martiri: l'area che comprende la Chiesa di San Celso e il Santuario di Santa Maria dei Miracoli (la Chiesa di Santa Maria vicino a San Celso è chiamata anche in questo modo) è stata sacra fin dalle origini della Cristianità a Milano.

Qui il vescovo Ambrogio, probabilmente nel 395-396, trovò il corpo del martire Nazaro e lo trasportò nella “Basilica Apostolorum", che porta tuttora lo stesso nome. 
Lasciò invece il corpo di S. Celso sul luogo, in una piccola chiesa a lui dedicata. 
Perché il suolo, che aveva custodito i corpi dei martiri, avesse un segno sacro, fece costruire una nicchia con l'immagine della Madonna.

Il monastero benedettino e la Basilica di San Celso: una costruzione più ampia fu voluta dall'Arcivescovo di Milano Landolfo II, nel 996-997. 
Successivamente, un monastero benedettino fu costruito a destra della Basilica e ai monaci benedettini fu affidato la cura di tutto il complesso. 
Il monastero fu più volte ristrutturato fino al definitivo abbattimento negli anni 30 del 1900. 
E l’antica Basilica romanica accanto al Santuario è stata ridotta a circa un terzo, dando enfasi al volume architettonico del Santuario.

La prima Chiesa del 1430: il Duca di Milano, Filippo Maria Visconti, commissionò la costruzione di un piccolo edificio per proteggere l'antica immagine mariana. 
Durante il governo del Duca Gian Galeazzo Sforza, il 30 dicembre 1485, gli annali registrano una miracolosa apparizione che coincise con la cessazione di una dolorosa pestilenza.

La costruzione del Santuario
Nel 1493 Gian Giacomo Dolcebuono e Cristoforo Solari (1493) vennero incaricati di progettare una nuova costruzione. 
Nel ‘500 il Santuario fu ulteriormente ampliato e fu costruito l'altare dedicato all'Assunta, il retrocoro e le absidi. Martino Bassi di Seregno realizzò il meraviglioso pavimento.
Il portico iniziato da Cesariano (1513) fu completato da Vincenzo Seregni (1556), mentre Galeazzo Alessi si occupò della facciata (1565-1568), le cui decorazioni furono realizzate da Annibale Fontana e da Stoldo Lorenzi (fine del secolo XVI).

Il miracolo dell'anno 1620: durante l'episcopato del Cardinale Federico Borromeo, le cronache riportano l’episodio della lacrimazione dell'affresco raffigurante "la Madonna tra San Nazaro e San Celso" (un dipinto del XIV secolo, conservato nella preesistente Chiesa di San Nazaro al Campo, poi abbattuta. Questo segno impressionante per il popolo diede nuova vita al Santuario, aumentando la sua importanza e la devozione dei milanesi.

Il Crocifisso di San Carlo: All'interno del Santuario si conserva il Crocifisso che S. Carlo Borromeo portò in processione lungo le vie di Milano durante la peste del 1576. 

Il declino e il successivo recupero del complesso: Dal XVIII secolo il Santuario attraversò una fase di declino e venne trasformato in magazzino. Solo all’inizio del ‘900 il Santuario riacquistò la sua importanza e nel 1947 il Card. Schuster ne affidò la cura ai Padri Oblati Vicari.

In occasione del Giubileo 2025 il Santuario è stato riconosciuto chiesa giubilare.
Informazioni sulle iniziative in corso qui: www.comunitasancristoforo.it/giubileo-2025-2/