La Darsena, come i milanesi l'hanno vista per quattro secoli, era stata voluta e realizzata nel 1603 dal governatore spagnolo Pedro Enríquez de Acevedo conte di Fuentes (1525-1610):

Era addossata alle nuove mura e, sotto di esse, un varco consentiva l'accesso alla nuova conca di Viarenna; il bacino era situato, come ora, in parte sulla stessa superficie dove prima esisteva il laghetto di Sant'Eustorgio.

Nel settembre 2004, il Comune di Milano concesse l'area della darsena a un'impresa che doveva realizzare un garage-parcheggio sotterraneo: il terreno era considerato privo di interesse archeologico.

Al contrario, all'inizio degli scavi emersero reperti che richiesero l'intervento della sovrintendenza e l'arresto dei lavori: si tratta di fondazioni di mura spagnole e di una piattaforma lignea che è stata attribuita alla pavimentazione dell'originale conca di Viarenna.

Per quanto riguarda il bacino, poche dita d'acqua ne ricoprono il fondo scorrendo in rigagnoli a nord, mentre sul lato sud si è formata una lunga isola coperta di lussureggiante vegetazione spontanea rifugio di svariate specie di uccelli: una piccola "oasi naturale clandestina".

Oltre a essere il porto della città, la darsena nel passato era uno snodo idrico di grande importanza: riceveva le acque dell'Olona e quelle che colavano dalla fossa interna e le cedeva al Ticinello, che correva oltre porta Ticinese lungo le mura prima di piegare a sud, e alla Vettabbia.

Da un'estremità all'altra, la darsena era lunga 750 metri e larga fino a 25, con una superficie di 17.500 metri quadrati, e la profondità di un metro e mezzo.