La chiesa di san Francesco è uno dei principali monumenti medievali della città di Lodi.

Le sue origini risalgono al 1252, quando il vescovo di Lodi Bongiovanni Fissiraga reintroduce in città i frati Minori, già espulsi pochi anni prima per intolleranza della fazione ghibellina, e assegna loro la piccola chiesa di s. Nicolò. Pochi anni dopo, presumibilmente a partire dagli anni ottanta, i frati iniziavano la fabbrica della nuova chiesa, i cui lavori dovevano essere già a buon punto nel 1290 quando vi furono accolte le spoglie del vescovo Bongiovanni. Sostenitori dell’impresa furono Antonio Fissiraga (forse nipote del vescovo) e la moglie Flora dei Tresseni.
La chiesa in stile romanico gotico presenta una facciata incompiuta poco sopra il rosone centrale ed è caratterizzata dalle bifore “a cielo” un particolare lodigiano studiato per dare leggerezza alla struttura frontale. Subito sotto il rosone è posto il protiro con colonne in cotto su alti plinti in pietra.
L'interno, a tre navate con cappelle laterali e transetto, presenta una tipologia architettonica assai diffusa in Lombardia, che adotta il sistema dell’arco acuto su pilone cilindrico con volte a crociera. La chiesa conserva nel suo interno la più completa rassegna di pittura lodigiana a partire dal Trecento, tra questi ricordiamo l’affresco votivo con “Madonna  col Bambino, i ss. Nicola e Francesco e Antonio Fissiraga che presenta il modellino della chiesa”. Al suo autore, un anonimo maestro lombardo, buon conoscitore delle novità della pittura giottesca, si dà convenzionalmente il nome di Maestro dei Fissiraga.
Infine da non perdere, nella navata destra, la terza cappella, detta di s. Bernardino da Siena, affrescata da Gian Giacomo da Lodi in ventidue riquadri con storie della vita del Santo, risalenti al 1477. Lo stile di Gian Giacomo si presenta facile e didascalico, del tutto privo di elementi tardo-gotici, e non rinuncia nel contempo  a scelte di alto contenuto intellettuale come l’uso della prospettiva che testimoniano il passaggio ad una fase umanistica.