L'edificio, risale ai primi anni del XIV secolo, nel 1312 il vescovo Egidio dell'Acqua concesse l'edificio alle monache umiliate, che occuparono il monastero fino alla fine del XVI secolo.

Nel 1579, in seguito alla soppressione dell'ordine (1570) e all'assunzione della regola di San Benedetto, il monastero passò alle Monache benedettine. Il numero di monache crebbe rapidamente e si decise di costruire una chiesa annessa al monastero; così, nel 1588, fu edificata la chiesa del convento, poi adibita ad Aula Magna.

Nel 1615 il monastero fu ristrutturato su disegno dell'architetto Pellegrino Tibaldi, a cui si deve in particolare il progetto del chiostro. La chiesa subì alcuni interventi nel XVIII secolo, epoca a cui risalgono gli stucchi e gli affreschi dell'Aula Magna.

Il 22 aprile 1785 il monastero e la chiesa furono soppressi, e l’edificio divenne ricovero per mendicanti.

Nel 1794 l'edificio fu nuovamente ristrutturato e l'architetto Giuseppe Piermarini diede l'aspetto definitivo al chiostro e al cortile interno; l'ex monastero assunse l'aspetto neoclassico che lo contraddistingue. Con l'istituzione del Regno lombardo-veneto l'ex monastero divenne, dal 1816, sede dell'Imperial Regia Delegazione Provinciale, fino alla cessione della Lombardia al Regno di Sardegna. Dal 1859, con il Decreto Rattazzi, diventò sede della sottoprefettura del circondario di Lodi, fino alla soppressione dell'ente nel 1926.

Negli anni trenta l'edificio fu individuato come nuova sede per il liceo classico di Lodi. L'architetto Giovanni Muzio, esponente di spicco del movimento artistico del "Novecento, nel 1932 ricevette l'incarico di restaurare l'ex convento e di trasformarlo in liceo. Il chiostro fu completato nella parte mancante del secondo ordine verso la chiesa, la chiesa fu adattata ad aula magna del liceo, la struttura fu dotata di classi e laboratori. Nel 1935 il liceo si trasferì nella nuova sede, rimasta uguale a come ridisegnata da Giovanni Muzio fino all'anno 2000. Tra il 2000 e il 2002 l'edificio è stato completamente rinnovato e restaurato, recuperati gli affreschi e gli stucchi settecenteschi sopravvissuti alla ristrutturazione degli anni trenta, nell'aula magna e in sala docenti; è stata inoltre costruita una nuova biblioteca, ricavata negli spazi del sottotetto. Dal 2003, terminata la ristrutturazione la sede è nuovamente occupata dal Liceo Verri.