La villa emerge per la sua eleganza nel centro storico di Vimercate, caratterizzata dall'impianto a U tipico di molte ville di delizia lombarde, al centro del quale si apre l'imponente cortile d'onore.

Dal cortile si accede all'atrio d'ingresso, caratterizzato da una maestosa volta emisferica. Sulla sinistra si trova lo scalone principale, dove è collocata una statua con l'Apollo del Belvedere, copia ottocentesca dell'originale conservato in Vaticano; a destra si trova la piccola e raccolta cappella privata, nella quale è conservata una tela con l'Immacolata, dei primi anni del Settecento, recentemente attribuita al Legnanino. In direzione del vasto giardino si incontra invece il salone d'Onore, coperto da una volta decorata con stucchi e fregi; a seguire si incontrano la sala da pranzo vecchia, decorata con riquadri a sfondo naturalistico; la sala da pranzo nuova, rimaneggiata a partire dal 1854; la sala della conversazione, con camino e specchiera di gusto neoclassico, la sala del biliardo, con decorazioni ispirate alla classicità greca.

Al piano nobile l'ambiente principale è costituito da un ampio salone servito da due corridoi che conducono alle camere da letto e ad altri ambienti. Nell'ala laterale verso nord, che costeggia il Terraggio della Molgora, si trova il maneggio coperto, con una ricercata facciata neogotica, cui si addossa verso est la limonaia neoclassica.

Nella prima metà del XIX secolo il grande giardino retrostante fu sistemato secondo il modello del parco paesaggistico all'inglese, all'interno del quale vennero inserite tipiche architetture da giardino, tra cui una torretta neogotica e una Kafehaus a pianta circolare.
Costruita negli ultimi decenni del XVIII secolo ispirandosi al gusto di Giuseppe Piermarini, architetto, della Villa Reale di Monza, divenne abitazione nel 1865 del cav. ing. Luigi Ponti, al momento del suo matrimonio con Elisabetta Sottocasa; alla morte dei due coniugi pervenne in eredità ai conti Sottocasa, di cui conserva il nome.

Nel marzo dell'anno 2001 il Comune di Vimercate ha acquistato l'immobile e il parco, dando inizio agli interventi di restauro e di riuso, che hanno portato nel 2010 all'apertura, nell'ala meridionale della villa, del MUST Museo del territorio vimercatese.