L’ esistenza di un edificio di culto a Cernusco trova conferma documentaria solo a partire dal 1388. La prima chiesa parrocchiale fu quella di Santa Maria, forse già preesistente, lungo il canale Martesana (realizzato solo alla fine del XV secolo).

Nel 1584 San Carlo Borromeo ordinò la costruzione di una nuova chiesa parrocchiale, terminata nel 1640. Si trovava nell’attuale piazza Matteotti e venne demolita nel settembre del 1974. 
La prima pietra dell’odierna prepositurale, dedicata a Santa Maria Assunta, fu posta il 23 settembre 1907 dal cardinal Andrea Ferrari.
Il nuova costruzione si rese necessaria per sostituire la precedente parrocchiale, la cui capienza fu ritenuta non più adatta alle dimensioni della comunità dei fedeli cernuschesi. 
I lavori furono sospesi allo scoppio della Prima Guerra Mondiale e ripresi nel 1928.
Il primo progetto dell'architetto Andrea Fermini fu rivisto da Ugo Zanchetta. La chiesa fu consacrata il 17 luglio 1932 dal cardinale Ildefonso Schuster.
L'edificio presenta una facciata tripartita a capanna con tre portali e un oculo centrale. 
All'interno la chiesa si sviluppa con un impianto a croce latina con cappelle laterali, due cappelle ai lati del presbiterio e altre due cappelle al termine dei bracci del transetto. Il soffitto è a cassettoni lignei e all'incrocio dei due bracci si apre la grande cupola rivestita all'esterno da un alto tiburio.
Nel 2008, in occasione dei lavori di ristrutturazione, l’artista Mario Toffetti è stato incaricato di realizzare i nuovi poli liturgici: altare, ambone, la sede della presidenza, il fonte battesimale e il portale di ingresso.

In occasione del Giubileo 2025 la chiesa è stata riconosciuta chiesa giubilare.
Informazioni sulle iniziative in corso qui: www.comunitasancristoforo.it/giubileo-2025-2/