Il fortilizio di Puegnago venne eretto dalla popolazione locale durante il X secolo nel tentativo di fronteggiare le incursioni di altri popoli provenienti dal nord.

Esso ha dunque le caratteristiche di un castello ricetto, atto a proteggere e a rifugiare le genti in caso di imminente pericolo.

Attualmente del castello permangono solo i ruderi. La cinta muraria molto alta è invece sopravvissuta nel corso dei secoli, anche se le case che un tempo conteneva son andate distrutte; attualmente lo spazio una volta riservato alle abitazioni è occupato ora da un giardino.

Lungo le mura, costruite tramite l'utilizzo di pietre e ciottoli di varie misure posati in modo piuttosto irregolare, sono comunque distinguibili delle torri. Una si erge verso oriente ed un'altra è posta verso l'abitato a difesa dell'ingresso sulla parte occidentale. Su quest'ultima venne successivamente costruita la torre campanaria che vide la posa delle campane durante la prima metà del XIX secolo.

Bisogna immaginare inoltre che anche il castello di Puegnago, essendo posto su un piccolo promontorio fosse in collegamento con le altre fortificazioni sparse per la Valtenesi; un indizio di questa sua peculiarità ci viene fornita da alcune fonti che citano la torre più alta di Puegnago spia della Valtenesi, evidentemente preposta ad intercettare preventivamente la presenza di eventuali attacchi nemici.

E' noto infatti, che durante l'epoca medievale tutti i complessi fortificati della Valtenesi dovessero essere costantemente in contatto fra loro, sviluppando pertanto un particolare codice comunicativo.