La Chiesa fu eretta nel 1289 dai frati francescani, arrivati a Gargnano per volere del Vescovo di Brescia.

L`esterno conserva la sua impronta romanica, interpretata alla maniera francescana, cioè in stile semplice e povero. Sulla facciata, a forma di capanna, si nota una statua votiva (1301) raffigurante l`immagine di Sant`Antonio da Padova.

L`interno della chiesa, che custodisce dipinti di Giovanni Andrea Bertanza e Andrea Celesti, era originariamente diviso in tre navate, in seguito demolite per essere ridotte ad una sola, probabilmente tra il secolo XVII e il secolo XVIII.

Sul lato destro dell`edificio sorge il Chiostro dell`antico convento francescano. Costruito nella prima metà del secolo XIV, esso si presenta come un piccolo cortile a pianta quadrata, circondato da un portico ad archi inflessi di impostazione veneta, poggianti sui capitelli delle colonne cilindriche.

Il Chiostro custodisce anche due antiche tracce di età romana, ritrovate a Gargnano: una lapide (rinvenuta nel 1837) è dedicata a Nettuno, mentre una piccola ara onora Revino, divinità locale. Ancora nel chiostro si può scorgere con sorpresa lo stemma marmoreo quattrocentesco del Comune di Gargnano, individuato dalle iniziali C.G.: Communitatis Gargnani.

Il blasone rappresenta una lupa rampante che tiene fra le zampe un giglio, sormontato da una corona capovolta. Nel 1879 il convento diventa proprietà della Società Lago di Garda, che lo adatta a magazzino degli agrumi; solo nel 1912 il governo italiano riconosceva la chiesa monumento nazionale.