La chiesa di Santa Maria Nuova fa parte di un complesso monumentale che comprende anche il quadriportico antistante la chiesa e la cappella dell' Addolorata, chiesa autonoma, costruita sul fianco sinistro del quadriportico. 

La Chiesa ha impianto basilicale, a tre navate, coperto da volta a botte nella navata centrale e volte a vela nelle navate laterali. 
Sul fianco delle navate laterali si aprono, rispettivamente, 4 cappelle nella navata e 5 nella navata destra.
Nella Cappella di Santa Caterina (a sinistra del presbiterio) si conserva infine un lacerto di affresco raffigurante Santa Apollonia, ascrivibile al XV secolo. La decorazione e gli arredi delle restanti cappelle risalgono invece ad interventi del XVIII e XIX secolo.
Fa eccezione la prima cappella della navata sinistra, dedicata a San Giovanni Battista e oggi adibita a cappella del fonte battesimale, dove è ancora riconoscibile l'antica decorazione a graffito, realizzata con ogni probabilità nel 1469, per celebrare la nascita di Gian Galeazzo Sforza.
Secondo le fonti però, già nel 1388, la chiesa venne dedicata a Santa Maria Nascente, probabilmente per celebrare la nascita di Gian Maria Visconti, figlio di Gian Galeazzo Visconti, nato in quello stesso anno nel castello di Abbiategrasso e probabilmente battezzato in questa chiesa. La storiografia è concorde nel ritenere che il cantiere si sia concluso entro al fine del XIV secolo.

Nell'ultimo decennio del XV secolo inizia invece la costruzione del pronao che si protrarrà fino alla fine del XVI secolo. Una formella recante la data 1497, permette di datare alla fine del XV secolo le strutture del primo ordine del pronao, tradizionalmente attribuite ad un progetto di Bramante (seppur senza conferme documentarie). Dopo questa prima fase il cantiere probabilmente si ferma ed il pronao quattrocentesco non viene mai portato a conclusione. Attorno al 1595 Tolomeo Rinaldi è incaricato di costruire un grande tiburio per proteggere l'immagine miracolosa della Vergine con il Bambino che si trova sulla facciata. Per realizzare il grande arcone (che vediamo ancora oggi) Rinaldi demolisce parte delle strutture dell'antico pronao, conservando soltanto gli elementi architettonici del primo ordine.

Tra il 1740 ed il 1745 la chiesa ed il quadriportico sono oggetto di un importante intervento di ristrutturazione, generalmente attribuito a Francesco Croce. 
La decorazione interna ad affresco risale invece alla seconda metà dell’800 ad opera di Giovanni Valtorta.
In occasione dell’Giubileo 2025 “Pellegrini di speranza”, la basilica è stata indicata dalla diocesi di Milano come chiesa Giubilare.
Per valorizzare l’esperienza caratteristica del cammino di pellegrinaggio è possibile raggiungerla seguendo le indicazioni del percorso dell’antica via Francisca del Lucomagno. 

- Informazioni sul percorso del cammino al sito web www.laviafrancisca.org/
- Informazioni sulle iniziative dell’Anno giubilare presso la basilica al sito web www.cpsancarlo.eu/cms/moduli/home/

In occasione del Giubileo 2025 la chiesa è stata riconosciuta chiesa giubilare.
Informazioni sulle iniziative in corso qui: www.comunitasancristoforo.it/giubileo-2025-2/