La Chiesa di S. Clemente è tra le più antiche della Valle, risale infatti al XII secolo; in origine fungeva come ospizio per i pellegrini che percorrevano l’antica Via Valeriana, via romana che dal lago d’Iseo risaliva la Valle fino ai passi Tonale e Gavia.

Si raggiunge seguendo una mulattiera dal paese di Vezza fino ad arrivare su uno sperone roccioso che permette un ampio sguardo sulla vallata sottostante.

Dell'originale struttura medievale rimase solo la torre campanaria, scandita da un doppio ordine di bifore. Il corpo della chiesa è stato invece rifatto nel '500. Secondo Gregorio Brunelli essa era l'antica parrocchiale di Vezza d'Oglio, ma gli studiosi contemporanei ritengono che questa supposizione fosse errata.

Nel 1580 il cardinal Carlo Borromeo ne ordina il completo restauro: la data impressa sull'architrave 1585 fa supporre che esso avvenne in tempi rapidi.