L'allestimento attuale, nella sede originaria di Palazzo Monte dei Pegni, vede al piano terra una Sezione introduttiva in cui è possibile ammirare una stele funeraria egizia del Medio Regno e una kylix attica a figure nere, beni che testimoniano i contatti che Bellini aveva nel mercato collezionistico dell'epoca.

La sezione archeologica accompagna il visitatore dall'età del bronzo all'età romana con un'ultima Sala Lapidarium dedicata a materiali archittetonici e lapidei appartenenti a diversi periodi storici, punto di contatto con l'allestimento a primo piano.

Al piano superiore si trova una sezione dedicata ai materiali della tradizione popolare. Una sezione storica ospita documenti relativi alla fine della dominazione veneta all'Unità d'Italia fino al Primo Conflitto Mondiale. Nella sala storico-artistica sono esposti i rettori veneti  preziosa testimonianza della devozione di Asola verso la Serenissima.

Una sala a carattere topografico opita materiali eterogenei per caratteristiche e datazione ma simbolo della Città, come l'orologio dell'Ospedale. Un'ala del palazzo è dedicata alla collezione di oggetti sacri e liturgici del Museo Parrocchiale "G. B." Tosio.

Inoltre il museo si è arricchito di una Sezione mineralogica dedicata ai donatori Elda Sandrin e Cesare Piubeni.