Die Isola Comacina im Comer See gilt als eine der außergewöhnlichsten archäologischen Ausgrabungsstätten in Oberitalien für das Frühmittelalter.

Bei den im Laufe des 20. Jh. mehrfach durchgeführten Ausgrabungskampagnen konnten archäologische Funde von außerordentlichem Interesse ans Licht gebracht werden, die von der Römerzeit bis zum 16. Jh. reichen.

Die erste Kampagne wurde unter Aufsicht des Historikers und Archäologen Ugo Monneret de Villard 1914 durchgeführt. Dabei wurden vor allem die Reste der Kirche S. Eufemia entdeckt. Darauf folgten weitere fünf archäologische Kampagnen zwischen 1958 und 1978, die von dem Architekten Luigi Mario Belloni, einem Liebhaber der Gegend um den Comer See, und seiner Frau Mariuccia Zecchinelli geleitet wurden.

Dabei wurden verschiedene architektonische Reste aus vorchristlicher und frühmittelalterlicher Zeit und eine Unmenge von beweglichen Fundstücken entdeckt.
Belloni beschränkte sich dabei nicht nur auf das Land sondern führte auch eine umfangreiche Suche unter Wasser im Comer See durch, die ebenfalls zahlreiche Fundstücke von der Insel lieferte.

Neben vielen zivilen Resten, die mit militärischen Kriterien geschaffen worden waren, wurden auch Überreste von Marmorsäulen aus der Römerzeit entdeckt, die heute unter dem Boden der Kirche S. Giovanni Battista aus dem 17. Jh. bewundert werden können.

Außerdem gibt es spätantike Funde, wie das Fundament eines Turms, der wahrscheinlich der Glockenturm der romanischen Basilika S. Eufemia war, und vorchristliche Zeugnisse wie der mit zwei Apsiden geschmückte Raum mit dem Taufbecken.

Die aus archäologischer Sicht bedeutendsten Erkenntnisse betreffen den Komplex von S. Eufemia. Sie lassen Aufteilung der Kirche in drei Kirchenschiffe mit drei Apsiden erkennen und die wunderschöne Krypta und die Säulenhalle mit Flügeln vor der Kirche. Ebenfalls interessant sind die Reste der Kirche Santa Maria col Portico und der Kirche San Pietro in Castello. Auch die Mauern aus rechteckigen Steinquadern des mittelalterlichen Komplexes der Heiligen Faustino und Giovita sind im Rahmen dieser archäologischen Kampagnen erforscht worden.

Für alle geschichtsinteressierten Besucher der Insel lohnt sich auf jeden Fall auch ein Besuch des Museo Antiquarium, in dem es jede Menge archäologische Fundstücke und kunsthandwerkliche Gegenstände aus den verschiedenen Ausgrabungsstätten der Isola Comacina und der Gegend um Ossuccio zu bewundern gibt.