L'Église de Sant'Eustorgio, d'origine très ancienne (IVème siècle) est connue pour avoir abrité les reliques des Rois Mages avant qu'elles ne soient soustraites et portées à la Colonie de l'empereur Frédéric Barberousse.

Comme le veut la tradition désormais séculaire, chaque année, à l'occasion de l'Épiphanie, un cortège part de la Place du Dôme et arrive à Sant'Eustorgio pour honorer son histoire.
Sous la nef centrale ont été retrouvées les tombes de l'époque d'Auguste. Ces découvertes ont mené à la conclusion que l'église a été construite sur une nécropole suburbaine préexistante. Toutefois, du fait qu'aucune autre découverte importante n'ait été faite il n'a pas été possible de dater avec certitude les autres bâtiments se dressant dans la zone du cimetière.
L'Église a joué un rôle important dans la vie religieuse de la ville. En effet, selon la légende, San Barnaba Apôtre y a baptisé les premiers chrétiens.
L'intérieur est constitué de trois nefs et son aspect est principalement roman. Après sa fondation furent ajoutées des Chapelles dont la Chapelle Brivio qui compte un triptyque du Bergognone et la Chapelle Portinari qui fut décorée de fresques par Vincenzo Foppa et qui comprend une peinture de Benedetto Bembo représentant le banquier Pigello Portinari agenouillé devant Saint Pierre Martyre.