L'Église de Santa Maria delle Grazie est une véritable merveille au cœur de la ville.
Symbole de la Renaissance italienne, elle fut construite entre 1463 et 1497 sur les cendres d'une ancienne chapelle ayant tiré son nom de la Vergine delle Grazie, à l'initiative du Duc de Milan Ludovico il Moro comme mausolée pour sa propre famille.

Les travaux de sa construction furent dirigés par Giuniforte Solari mais elle fut ensuite complétée, selon la tradition, par Bramante en 1490.

L'église et le couvent ont subi de graves dommages à cause des bombardements anglo-américains de 1943 : le cloître principal a été complètement détruit tout comme le réfectoire. Parmi les quelques parties qui furent épargnées se trouve le mur sur lequel Léonard de Vinci a peint la fresque de la célèbre Cène que l'on peut aujourd'hui visiter et constitue un authentique trésor, destination de visiteurs du monde entier.

L'église a des formes gothiques et présente une installation en croix latine, divisée en sept travées aux colonnes de granit. Soixante-treize mètres de long pour trente de large, comprenant les chapelles latérales et 14,40 mètres de haut au point interne le plus haut.

L'église, le couvent et la Cène de Léonard de Vinci sont le second site italien à être classé comme patrimoine mondial de l'humanité par l'Unesco.