Le Jardin botanique de Pavie se trouve dans son emplacement actuel depuis la fin des années 1700, après une séquence complexe de tentatives pour trouver un lieu adapté pour y cultiver les simples et les enseigner à la faculté de médecine.

La première chaire de Botanique fut instituée par Fulgenzio Witman (1763-1773), un moine Vallombrosan élève de Maratta qui enseigna à Pavie de 1763 à 1773: au cours de cette période il fut invité à fournir des indications pour la construction d'un jardin de simples dans un autre endroit que le siège actuel du Jardin Botanique.

En 1773 on entreprit les travaux pour la construction du siège actuel.

 Différentes collections se trouvent à l'intérieur du Jardin Botanique : l'arborétum, qui a contribué à faire de cette structure un point de repère dans le panorama italien. On trouve aussi l'importante collection des herbiers, et les deux groupes d'azalées. La roseraie est divisée en trois secteurs : un dédié aux roses sauvages, un autre aux roses anciennes. Le troisième groupe rassemble les hybrides modernes. On trouve aussi des collections de plantes aquatiques, officinales, tropicales, succulentes et cactées. Le jardin botanique de Pavie conserve non seulement d'autres nombreuses variétés de plantes, mais aussi les instruments techniques et scientifiques utilisés au cours de l'histoire du Jardin Botanique.