Si attribuisce genericamente la nascita di Induno Olona alle invasioni galliche del V secolo a.C.; si sa con sicurezza invece che il primo insediamento stabile romano risale al I secolo a.C. Sotto il dominio longobardo, Induno Olona venne aggregata a Castelseprio: furono costruiti probabilmente in questo periodo la Torre Pezza e il Castello di Frascarolo. 

Nei secoli successivi Induno appartenne alla Pieve di Arcisate e alla Chiesa di Milano; dopo la dominazione spagnola, sotto quella austriaca venne sottoposta alla Provincia di Varese. Dopo aver subito varie altre amministrazioni (tra cui la parentesi napoleonica e il Distretto di Arcisate nella Provincia di Como), fu solo nel 1827 che venne istituito il primo Consiglio Comunale. Un secolo più tardi, in periodo fascista, venne soppresso il comune e aggregato a quello di Varese. Ottenne nuovamente la sua indipendenza solo dopo il 1950.

Nel corso del XIX secolo, grazie alle acque dell'Olona che alimentavano sei opifici, Induno Olona era un centro discretamente industrializzato; grazie alla costruzione delle infrastrutture ferroviarie che collegavano Varese a Luino, nel '900 essa mantenne una certa importanza.

Tra i monumenti di maggior rilievo si annoverano sicuramente il sopracitato Castello di Frascarolo, la Cappella di San Pietro in Silvis, la Chiesa di San Giovanni Battista, il Santuario della Madonna di San Bernardino, la Chiesa dei Santi Re Magi (che ne ospita le reliquie) e il Monumento ai caduti realizzato da Dante Parini.

Chi è interessato può inoltre visitare il Birrificio Angelo Poretti, non lontano dal centro.

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